帳票設定は1ページ毎に行いますので、複数ページを１つの帳票設定としてまとめて扱うことはできません。
例えば2ページで1セットのアンケート用紙であれば、1ページ目と2ページ目を別の帳票設定として作成していただく必要がありますので、PDFの場合は事前にページ分割をしてDX Suite に取り込んでください。
実際の読取の際はElastic Sorter の概要 を利用することで、1ページ目と2ページ目を自動で仕分けをしてOCRできます。また、アウトプット設定の「出力ファイル名」を使用することで、出力されたPDFから1ページ目と2ページ目のセットを特定することも可能です。