アップロードフォルダに格納したPDFがOCRされた後、アップロードフォルダに格納したPDFファイルはどこか別のフォルダに移動されるのでしょうか？

いいえ、OCR処理が完了した後も、アップロードフォルダに格納したPDFファイルは別のフォルダに移動されることなく、そのままアップロードフォルダ内に残ります。

AIエージェント（ローカルストレージ連携）では、OCR処理後に出力されたCSVなどのデータは、あらかじめ設定された出力フォルダに保存されますが、元のPDFファイル自体は自動で移動・削除されることはありません。